东南大学信息科学与工程学院之前身为南京工学院无线电工程系，其悠久厚重的历史可追溯至1923年的国立东南大学电机工程系。1928年，国立东南大学电机工程系更名为国立中央大学电机工程系。

1932年，陈章先生来到中央大学电机工程系任教授，并于1936年起任系主任，在此期间开创了我国无线电教育之先河。1952年，在全国高等学校的院系调整中建立了南京工学院，电机工程系分设为电力工程系和电信工程系；

1953年，先后有浙江大学、复旦大学、交通大学、厦门大学、金陵大学、江南大学、山东工学院等院校的电信工程系并入，建立了南京工学院无线电工程系，陈章教授担任首任系主任。

1956年，约有三分之一的教师和设备调去成都，支援新建的成都电讯工程学院（现电子科技大学）。1962年，电真空器件专业从无线电工程系分出，单独成立了电子器件系（现东南大学电子科学与工程学院）。

2006年，无线电工程系更名为信息科学与工程学院。2018年4月，“信息安全”学科从学院分出，和相关学院组建成立网络空间安全学院。